La organización ecologista ha hecho público un informe sobre la situación de las aguas continentales españolas y el resultado, según los datos ofrecidos, es desolador: sólo el 11% de las aguas de los ríos y el 16% de los acuíferos presentarían niveles aceptables de calidad, de acuerdo con los parámetros que fija la Directiva Marco del Agua de la Unión Europea.

Greenpeace afirma que los principales problemas se deben a falta de depuración de las aguas, vertidos y sobreexplotación, en donde destaca el excedente agrícola y los campos de golf. Por ello, se reclama el fin de los vertidos industriales, la depuración efectiva de las aguas residuales, el control de vertidos agrícolas y ganaderos, el freno a la demanda hídrica y a la contrucción de embalses y trasvases, y la preservación de suelos y bosques.

El Informe de Greenpeace sitúa al río Tinto (Huelva) como el punto más negro de España, debido a los vertidos altamente contaminados de las empresas químicas, mientras que por cuencas la situación es la siguiente:
Cuencas internas de Galicia costa: Los ríos gallegos -cortos y con abundantes precipitaciones- están muy regulados, con una presa cada 132 km. No se respeta el caudal ecológico mínimo (10%) -como es el caso de las Fervenzas de Ézaro, en el río Xallas, y sólo el 22% del agua superficial cumple los objetivos medioambientales de la UE. Falta de depuración de las aguas residuales urbanas.

C.H. del Norte: El 40% de las aguas embalsadas sufren eutrofización (contaminación por fósforo o nitrógeno), lo que la inutiliza para el consumo humano. Vertidos de aguas residuales y constantes modificaciones y dragados de ríos.

Cuencas internas del País Vasco: Su importante actividad industrial provoca un fuerte aumento de la demanda de recursos hídricos y un elevado nivel de vertidos industriales. También los vertidos urbanos son notables, con 284 poblaciones que no depuran sus aguas. Por último, más de mil diques modifican el cauce natural de los ríos.

C.H. del Duero: Con un 52% de su superficie dedicada a campos de cultivo, los vertidos industriales son un problema a gran escala. Tampoco la depuración de aguas residuales urbanas cumple los mínimos. El acuífero de Los Arenales -el más grande de España- se ve afectado por los purines de explotaciones porcinas.

C.H. del Tajo: El alto consumo urbano e industrial de Madrid marca esta cuenca. El Canal de Isabel II opta porque no circule casi agua por los ríos, por lo que no se abastecen flora y fauna. Se han detectado 18.600 pozos ilegales. Contaminación por nitratos en el 80% de los acuíferos y depuración deficiente de las aguas residuales, provocando problemas de eutrofización en 21 embalses.

C.H. del Guadiana: Situaciones críticas por vertidos industriales y prácticas agrícolas en el río Guadiana. En el río Tinto se encontraron 120 millones de toneladas de residuos tóxicos y radiactivos, que sitúan a Huelva a la cabeza de España en morbilidad por cáncer. Por otro lado, el Parque Nacional de las Tablas de Daimiel ha pasado de 20 a 1 km2, y se han detectado más de 60.000 pozos ilegales.

C.H. del Guadalquivir: Falta de depuración y contaminación química como principales problemas. Además, el número de campos de golf se ha convertido ya en insostenible. Sólo el 23,16% de las aguas superficiales y el 9,86% de las subterráneas cumplen los requisitos mínimos de calidad.

Cuenca mediterránea andaluza: Elevadísimo grado de regulación de los ríos (un embalse cada 46 km) y de sobreexplotación por regadíos y presión turística. La desertización por pérdida de suelo fértil es otro de sus problemas. Además, el 32% de los vertidos urbanos está sin depurar y el 22% de los acuíferos están contaminados por nitratos.

C.H. de Ebro: Problemas importantes de vertidos industriales y de aguas residuales urbanas, especialmente en Aragón. Por otro lado, la introducción de especies invasoras como el siluro y el mejillón cebra ponen en peligro a las especies autóctonas.

Cuencas internas de Cataluña: Los vertidos industriales son los que más daño causan, si bien los urbanos no depurados son más importantes que en otras cuencas al tratarse de grandes núcleos como Barcelona. Las malas prácticas agrícolas y ganaderas, y el exceso de demanda para agricultura, población y turismo, son otros graves problemas.

Islas Baleares: Casi todos sus recursos proceden de acuíferos, y en su mayor parte están contaminados por malas prácticas agrícolas. Sobreexplotación de los recursos por presión urbana, debido al turismo.

C.H. del Júcar: Falta de depuración, turismo y campos de golf, junto a sequía y desertización, son sus principales problemas. Mención especial para los regadíos de Albacete, que han dejado el cauce del Júcar totalmente seco a lo largo de 40 km.

C.H. del Segura: Situación crítica. Malas prácticas agrícolas han contaminado buena parte de las aguas subterráneas. Falta de depuración de los residuos urbanos en la parte baja de los ríos Segura y Guadalentín. La altísima demanda agrícola provoca que sólo llegue al mar el 4% del caudal de los ríos. Presión turística, campos de golf y sequía.

Islas Canarias: Sin prácticamente ríos, su suministro proviene exclusivamente de aguas subterráneas, acarreando problemas de sobreexplotación.